Formation 2024

Le In silico Drug Design représente le premier pilier dans la recherche, le développement des médicaments et de nouvelles molécules biologiques actives. Le design de nouvelles molécules thérapeutiques est  au croisement de la biochimie structurale, de la chimie, de la pharmacologie et de la médecine. Ce domaine de recherche est de nos jours florissant dans le monde…

Docking Moléculaire

Détails de la formation

Descriptif :

Le In silico Drug Design représente le premier pilier dans la recherche, le développement des médicaments et de nouvelles molécules biologiques actives. Le design de nouvelles molécules thérapeutiques est  au croisement de la biochimie structurale, de la chimie, de la pharmacologie et de la médecine. Ce domaine de recherche est de nos jours florissant dans le monde. La connaissance des interactions entre une cible protéique impliquée dans une ou plusieures pathologies avec de petites molécules organiques (ligands) est primordiale dans ce développement et cette conception afin de potentialiser l’ effet thérapeutique. C’ est dans ce contexte que nous allons voir les différentes techniques utilisées dans le computer aided drug design (CADD) : Docking moléculaire, screening virtuel et l’évaluation des propriétés pharmacocinétiques et pharmacodynamiques (ADMET).

Objectifs pédagogiques:

La  formation est destinée aux académiciens, scientifiques, chercheurs et étudiants dans les domaines suivants: chimie, biologie, pharmacie et médecine. Cette formation s’étalera sur deux journées pleines. A la fin  de cette formation les apprenants seront capables de :

  • Connaître les principales bases de la modélisation des systèmes biomoléculaires
  • Savoir comment choisir la cible thérapeutique à partir des bases de données.
  • Manipuler les structures tri-dimensionnelles de la protéine et des ligands.
  • Realiser des simulations de docking moleculaire.
  • Étudier et interpréter les résultats découlant de la simulation.

  • Etudier le profil ADMET des molécules et évaluer leur devenir dans le corps humain.

Programme de la formation

La formation se déroule en présentiel sur deux journées

Première journée :

Matinée :

100 % Théorie

  • Aspect théorique : définitions et différentes techniques utilisées dans la conception et le drug design.
  • Les principales techniques de modélisation moléculaires.
  • Les interactions protein-ligands : H-bonds, vdW, électrostatiques, hydrophobiques et autres.

Après-midi

100% Pratique

  • Téléchargement et visualisation des structures protéiques : manipulation avec chimera et/ou pymol.
  • Telechargement et manipulation des structures ligands pubchem et modélisation des molécules par avogadro.

Deuxième journée :

Matinée :

50 % Théorie / 50% Pratique

  • Réalisation d' une simulation de docking moléculaire : comment valider un calcul ou une simulation de docking - Redocking- step by step et calcul de RMSD.
  • Docking moleculaire par Autodock4.2 et Autodock Tools.
  • Docking moleculaire par Autodock Vina et chimera.

Après-midi

100% Pratique

  • Prédiction des propriétés pharmacocinétiques (ADMET) via les webservers.
  • Autres prédictions : BONUS.

Formateur

Dr. Krid Adel

Docteur en Chimie

  •  Doctorat en chimie option : Physico-chimie Théorique et Chimie informatique (Université Sciences et techniques Houari Boumediene -USTHB- Alger.
  • Enseignant au Département de chimie à l’université Frères Mentouri Constantine 1.
  • Attaché de recherche au groupe de recherche, aux laboratoires:
    1- “Theoretical & Computational Chemistry TCC Group – LPMS Chemistry Department – Fundamental Sciences Faculty Mentouri University – Constantine 1 (UFMC) – Algeria”
    2- In Silico Group in Computer-Aided Drug Design (CADD) Research Center on Pharmaceutical Sciences CRSP. (www.crsp.dz)

Inscription

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